準大手証券3年目セルアナです。給料安すぎてヘッジファンドや外資アセマネに転職したいのですが、社格で門前払いされそうな気がします。そこで、遠回りになりますが日系アセマネを経由してから転職すればいいと考えました。この場合、何年日系アセマネで耐えれば転職できますか？

仰る通り、しっかりとしたバイサイド（野村アセット、三井住友、三菱信託、ニッセイアセット、One、TMAM、等）でバイサイドの経験を積んでから外資アセマネやヘッジファンドに行かれたほうがいいと思います。
上記のバイサイド（厳密には上記の親会社の人たちですかね）はツイッターではナチュボンと揶揄されていますが間違いなく良い経験は積めると思いますし若手の教育に力を入れてしっかりやってくれる印象です。職歴としても悪いようにはならないと思います。
ここで2-3年やれば発射台としては十分かと思います。