早慶で、ラグビーの準体育会などと呼ばれるサークルに入っているのですが、就活で言う体育会とは扱われないのでしょうか？また、扱われないとして、ほとんど恩恵は無いのでしょうか？

まず、体育会で恩恵があるケースは、特別な選考ルートがある、もしくは専用枠があることかと思います。それ以外は、選考にあたる社員からの個人的な印象くらいです。これらを踏まえると、そもそも冒頭のような恩恵があるケースは、体育会でも多くはないでしょう。早慶のラグビーならばもしかしたら明言はしないものの、なくはないかもしれませんが。そして、こと準体育会となるとさすがにないと思いますので、単純に各選考において、各社員がどう思うか程度です。社員によっては、普通のサークルに所属していた学生という印象であるか、普通のサークルよりかは厳しい環境に所属していた学生とう印象であるか、などです。結論が最後になりましたが、そういう意味では恩恵はないと思われます。