今就職活動中でメガバンクと信託銀行で迷っています。ネームバリューだとメガバンクですが専門性だと信託銀行でしょうか。

何をやりたいのか、どのようなコースでの採用なのか(おそらく普通の総合職なのだと思いますが)によります。
私なら、リテールじゃなければ信託銀行を選びます。運用か不動産なり、色々とチャンスが大きいので。でもメガバンクでもマーケットとか行けるなら話は別です。