外資系運用会社の求人を見た時プロダクトマネージャーの枠が多いような気がしました。日系資産運用会社からキャリアアップとして外資プロダクトマネージャーになる場合、どの部署を選択するのが良いのでしょうか？

ダントツで運用が良いです。もちろん運用経験が無い方もいますが、やっぱり運用経験がある方がそれなりに多いです。
次いでプロダクトマネジメントの部署と機関投資家営業でしょうか。それ以外の部署からだとちょっと難易度が上がる気がするので、少なくともこの3つに入られることをオススメします。