上司の指摘に対して反論するのはありでしょうか？それとも、社内政治的に上司のイエスマンでいるべきでしょうか？
私は納得がいかない部分はその理由とともに反論しますが(もちろん、受け入れるところは受け入れます。)なんか正しいのか悩みます。我慢して堪えるべきなのかなと。

新卒一年目です。

「反論」というよりも、自分の意見を伝えたり議論・質問することは良いことだと思います。「Yes, but...」というコミュニケーション手法がありますが、一旦相手の言っていることを受け入れてみた上で、でも自分はこう思う、こういう論点もあるのでは、と建設的に投げ返すことがお勧めです。

反論...というよりは、自分はこう考えているが、アドバイスが欲しい...とか可愛げのある感じで、相談させて貰う雰囲気に持っていってはどうですか。納得がいかない...みたいな感じでこられると上司も身構えるし、お互い仕事し辛くなりませんか。
また、貴殿が新卒1年目であれば、基本的に業務や業界の理解や知識において上司との比較では圧倒的に劣後しているはずで、基本的に上司の指摘は正しいはずです。（指摘の内容がわかりませんので、想像です）その前提に立って、謙虚に学ばせて貰う姿勢でしばらくは臨むのが良いかとは思います