なぜバイサイドは、手数料の高い大手証券会社を利用し、手数料の安いネット証券を利用しないのですか？

機関投資家の証券会社へのフィーは個人投資家のそれよりも格段に低く、また大手のほうがネット系より高いということもありません。お客様にとって最良の取引の条件で執行することが求められています（最良執行方針）ので、好んで高いフィーの会社を選ぶことはできません。
ちなみに、SBI証券さんはネット系ですが、機関投資家向け業務の人員を拡大しており、大手に劣らぬプレゼンスを持っています。