日本の防衛という任務を果たすため、実力組織である陸上・海上・航空自衛隊を中心に、防衛大臣を補佐する本省内部部局、統合幕僚監部、陸上・海上・航空幕僚監部、防衛装備庁のほか、防衛大学校、防衛医科大学校、防衛研究所、情報本部、防衛監察本部、地方防衛局などさまざまな組織で構成される。防衛省・自衛隊は日本最大の公務員組織である。