商学部で会計学を中心に勉強しており、将来は財務経理部への就職を考えています。
職種別採用で選考を受ける場合、学部卒と院卒(商学研究科で会計専攻)では後者の方が有利なのでしょうか。

私も似たような経歴ですが後者の方が有利に感じました。
他の院生を見ていても学部卒より有利だったと思いますね。

私は想像していたより院生活は大変だったので少しずつでも良いので早めから就活の対策をする事をオススメします。