文系大学院が就職で不利と言われるのは何故でしょう？

別に不利じゃないと思うんですけどね…

文系大学院卒が答えましょう。
①研究内容とビジネスのブリッジが難しい。MBAや公共政策などの専門職大学院が文系院でも就職実績がいいのはビジネスに活かせるスキルが身につきやすく、面接でも語りやすい内容だからだと推察。
②研究活動に時間が取られる。特にインターンなど時間拘束が長い取り組みとの両立が難しい。
③学部生と比較した際に2年間のプラスαが求められるので選考がシビアになる。
一方、学歴ロンダの側面ではプラスに働くことも多々あるので一概に文系院生に行けばビハインド、ともいえませんね。

ざっくり「文系大学院」とされていますが、ここでいうところの「文系」は「人文系」のことを指すと思います。「社会系」はそれぞれの専門性が高く、なおかつ職種と直結している場合が多いのでご安心ください。その中で人文系が就職に不利なのは、学生が研究をする際にほぼ強制的に視野狭窄状態に陥らないといけないからではないからだと思います。例えば、土佐日記を研究対象とした時に、その研究成果がどう社会にインパクトを与えるのか、それが将来的に自身の待遇にフィードバックされているのか考えた時点で土佐日記は研究できなくなります。心が折れます。ですから、人文系院生は無意識のうちにそういったことを考えないように自分に暗示をかけ、社会とのつながりを避けようとします。そういった社会と関係を絶った人間にアカデミア以外の就活は無理です。

よく言われるのは「理系と違って、仕事に直結する専門性がないから」ということですね。
確かにそれはそうで、法学や会計学などの一部を除いては、なかなか実務にそのまま活用可能な研究は少ないでしょう。その辺を憂慮する学生達の大学院離れから、最近ではデータサイエンス系の専攻を用意して実務への応用力を謳うところが増えてきましたね。
ただ個人的に、修士までなら特に不利ではないというか、むしろ評価が学部生よりも高い印象を受けます。特にコンサルや金融のような「入ってから猛烈に勉強が必要な業界」では、その"勉強力"が学部生より高く保障されている院生は人気ですね。
※博士までいくと専門性が高すぎて敬遠されている感じはあります……？