初歩的な質問ですが、半沢直樹の世界のように、実際に金融業界では金融庁の力は非常に強いのでしょうか。例えば日本の金融機関は金融庁に言われたことには逆らえないものなのでしょうか。また、外資金融の日本法人についても金融庁への対応などは必要になるのでしょうか。

半沢直樹は見たことがないのですが、金融業界は規制業種で当局からの免許制で(一部登録制)認可が無ければビジネス自体ができません。
金融庁に受ける業務改善命令に違反すれば業務停止命令や免許取り消しなどがあり得ます。
日本でビジネスを行う以上、外資系金融機関の現地法人も当然に日本の法令を守り、金融庁の監督下に入りますので対応は必須です。