会社によるとは思うのですが、一般に業務効率化のために社用pcにRやPythonをインストールすることはできるのでしょうか？できたとして、他の人がvbaを使う中で他の言語を使うとなにか不都合は生じるのでしょうか？

部署によってはpython とかRを使っていると思いますが、おっしゃる通り会社によりけりです。
言語というよりはITの部署を除くと個人の裁量でEUCを作ることをITガバナンスがきちんとしている会社は基本的に禁止していると思います。