ソフトウェアエンジニアでとびぬけて優秀な人は、実装スピードが普通の人の10倍とかあると思います。しかしながら、年収を10倍渡せるケースは少ない認識です。飛びぬけて優秀な人を会社に留まらせる上で年収以外で工夫されている事はありますか？

ソフトウェアエンジニアに限らないかもしれませんが、実際にとびぬけて優秀な人は、年収よりもその会社で行う仕事が自分の人生にどのような価値をもたらすか、を重要視する傾向があるとおもいます。

その価値とは人によって様々ですが、僕の周りにいる飛び抜けて優秀な人は
・どれほど見たことのない景色が見れるか（自分自身の好奇心、成長、経験が積めるか）
・どれほど世の中の役に立つのか
を重要視している気がします。
すでに稼いでいる人であればあるほど、この割合は大きくなるでしょう。

ソフトウェアエンジニアでいうならば、そのプロダクトがどれほど世の中や人々の生活を変えることができるのか、ワクワクした未来を作ることができるのか、がしっかりと実感できていることが大事だと思います。
特に経営陣としては、彼らにしっかりと伝わるように会社やプロダクトの方向性、ビジョンなどを何度も何度も伝えることが大事だと思います。