総合商社からPEファンドに行くには、やはりFASやIBDを挟まないと直ではハードルが高すぎますでしょうか？
直でPEファンドを狙うにはどのような経験が何年くらい必要でしょうか？

IBD、MBAを挟む方が大半だと思います。
商社では事業面での経験を深めると良いかと思います。投資先に常駐してバリューアップ貢献すること等はIBDやMBAではできませんので差別化にはなるでしょう。逆に言うとM&Aやファイナンス面での経験を幾ら語っても彼らには敵いません。